پس از انجام تشریفات مذهبى جسد آنحضرت را در پشت کوفه در محلی که امروز به نجف معروف است دفن کردند و همچنانکه خود حضرت امیر علیه السلام سفارش کرده بود براى اینکه دشمنان وى از بنى امیه و خوارج جسد آنجناب را از قبر خارج نسازند و بدان اهانت و جسارت ننمایند محل قبر را با زمین یکسان نمودند که معلوم نباشد و قبر على علیه السلام تا زمان حضرت امام صادق علیه السلام از انظار پوشیده و مخفى بود و موقعیکه منصور دوانقى دومین خلیفه عباسى آنحضرت را از مدینه بعراق خواست هنگام رسیدن بکوفه بزیارت مرقد مطهر حضرت امیر علیه السلام رفته و محل آنرا مشخص نمود.
در مورد پیدایش قبر على علیه السلام شیخ مفید هم روایتى نقل میکند که عبد الله بن حازم گفت روزى با هارون الرشید براى شکار از کوفه بیرون رفتیم و در پشت کوفه بغریین رسیدیم،در آنجا آهوانى را دیدیم و براى شکار آنها سگهاى شکارى و بازها را بسوى آنها رها نمودیم،آنها ساعتى دنبال آهوان دویدند اما نتوانستند کارى بکنند و آهوان به تپهاى که در آنجا بود پناه برده و بالاى آن ایستادند و ما دیدیم که بازها بکنار تپه فرود آمدند و سگها نیز برگشتند،هارون از این حادثه تعجب کرد و چون آهوان از تپه فرود آمدند دوباره بازها بسوى آنها پرواز کرده و سگها هم بطرف آنها دویدند آهوان مجددا بفراز تپه رفته و بازها و سگها نیز باز گشتند و این واقعه سه بار تکرار شد!هارون گفت زود بروید و هر که را در این حوالى پیدا کردید نزد من آورید،و ما رفتیم و پیرمردى از قبیله بنى اسد را پیدا کردیم و او را نزد هارون آوردیم،هارون گفت اى شیخ مرا خبر ده که این تپه چیست؟آنمرد گفت اگر امانم دهى ترا از آن آگاه سازم!هارون گفت من با خدا عهد میکنم که ترا از مکانت بیروننکنم و بتو آزار نرسانم.شیخ گفت پدرم از پدرانش بمن خبر داده است که قبر على بن ابیطالب در این تپه است و خداى تعالى آنرا حرم امن قرار داده است چیزى آنجا پناهنده نشود جز اینکه ایمن گردد!
در مورد مرقد مطهر حضرت امیر علیه السلام حکایتى آمده است که نقل آن در اینجا خالى از لطف نیست:
سلطان سلیمان که از سلاطین آل عثمان و احداث کننده نهر حسینیه از شط فرات بود چون به کربلاى معلى میآمد بزیارت امیر المؤمنین مشرف میشد،در نجف نزدیکى بارگاه شریف علوى از اسب پیاده شد و قصد نمود که محض احترام و تجلیل تا قبه منوره پیاده رود.
قاضى عسکر که مفتى جماعت هم بوده در این سفر همراه سلطان بود،چون از اراده سلطان با خبر گشت با حالت غضب بحضور سلطان آمد و گفت تو سلطان زنده هستى و على بن ابیطالب مرده است تو چگونه از جهت درک زیارت او پیاده رفتن را عزم نمودهاى؟ (قاضى ناصبى بود و نسبت بحضرت شاه ولایت عناد و عداوت داشت) در اینخصوص قاضى با سلطان مکالماتى نمود تا اینکه گفت اگر سلطان در گفته من که پیاده رفتن تا قبه منوره موجب کسر شأن و جلال سلطان است تردیدى دارد بقرآن شریف تفأل جوید تا حقیقت امر مکشوف گردد،سلطان سخن او را پذیرفت و قرآن مجید را در دست گرفته و تفالا آنرا باز نمود و این آیه در اول صفحه ظاهر بود:
فاخلع نعلیک انک بالواد المقدس طوى.
سلطان رو به قاضى نمود و گفت سخن تو برهنگى پاى ما را مزید بر پیاده رفتن نمود پس کفشهاى خود را هم درآورده با پاى برهنه از نجف تا بروضه منوره راه را طى نمود بطوریکه پایش در اثر ریگها زخم شده بود.پس از فراغت از زیارت،آن قاضى عنود پیش سلطان آمد و گفت در این شهر قبر یکى از مروجین رافضىها است خوبست که قبر او رانبش نموده و بسوختن استخوانهاى پوسیده او حکم فرمائى!!
سلطان گفت نام آن عالم چیست؟قاضى پاسخ داد نامش محمد بن حسن طوسى (شیخ طوسی)است.
سلطان گفت این مرد مرده است و خداوند هر چه را که آن عالم مستحق باشد از ثواب و عقاب باو میرساند قاضى در نبش قبر مرحوم شیخ طوسى مکالمه زیادى با سلطان نمود بالاخره سلطان دستور داد هیزم زیادى در خارج نجف جمع کردند و آنها را آتش زدند آنگاه فرمان داد خود قاضى را در میان آتش انداختند و خداوند تبارک و تعالى آنملعون را در آتش دنیوى قبل از آتش اخروى معذب گردانید.
همچنین صاحب منتخب التواریخ از کتاب انوار العلویه نقل میکند که وقتى نادر شاه گنبد حرم حضرت امیر علیه السلام را تذهیب نمود از وى پرسیدند که بالاى قبه مقدسه چه نقش کنیم؟نادر فورا گفت:ید الله فوق ایدیهم.فرداى آنروز وزیر نادر میرزا مهدیخان گفت نادر سواد ندارد و این کلام بدلش الهام شده است اگر قبول ندارید بروید مجددا سؤال کنید لذا آمدند و پرسیدند که در فوق قبه مقدسه چه فرمودید نقش کنیم؟گفت همان سخن که دیروز گفتم.